Di kancah domestik, Junaidi tetap tampil luar biasa dan berhasil membawa dua klub besar Indonesia, yakni Persija Jakarta dan Persebaya Surabaya, meraih gelar juara dalam era kompetisi perserikatan.
Setelah gantung sepatu dari dunia sepak bola profesional, Junaidi memilih untuk bekerja di Pertamina. Meski tidak lagi aktif bermain, kecintaannya terhadap sepak bola tidak pernah surut. Ia tetap mengikuti perkembangan sepak bola nasional hingga akhir hayatnya.
Pada hari Sabtu, sang legenda menghembuskan napas terakhirnya, meninggalkan jejak yang tak terlupakan dalam sejarah sepak bola Indonesia.